Genaue Episodenbeschreibung der 1. Staffel

Kapitel Eins: Die Klonkriege breiten sich wie ein Feuer in der Galaxis aus. Der Oberste Kanzler Palpatine zieht die Jedi Obi-Wan Kenobi und Anakin heran, die einen Angriff auf Muunilinst, eine Festung der Separatisten, leiten sollen. Als sich die Jedi darauf vorbereiten die Armee der Republik zu dieser neuen Kriegsfront zu führen, muß Anakin sich von seiner geheimen Liebe, Padmè Amidala, verabschieden. Obi-Wan Kenobi und Anakin bereiten sich darauf vor, einen Angriff auf Muunuilinst zu leiten.

Kapitel Zwei: Die republikanische Flotte, angeführt von Anakin Skywalker und Obi-Wan Kenobi, stoßen beim Eintritt in den Orbit des Planeen Muunilinst auf Widerstand. Die republikanischen Angriffsschiffe schaffen es auf dem Planeten zu landen, wo sie auf eine Droiden Armee der Separatisten treffen. Advanced Recon Commandos, der Elite-Stoßtrupp der republikanischen Armee, werden für eine spezielle Mission im inneren der Stadt eingesetzt, aber ihr Schiff wird gerade hinter der gegnerischen Grenze abgeschossen.

Kapitel Drei: Auf dem Planeten Muunilinst müssen die Elite ARC Truppler, abgeschnitten von ihrer ursprünglichen Landungszone, einen Weg zum gegnerischen Kommandozentrum finden. Auf dem Weg dorthin müssen sie sich einer Droiden Armee in einer schwierigen städtischen Kampfzone stellen.

Kapitel Vier: Der Separatistenführer San Hill gerät ihn Panik, als die Armee der Republik weiter vorstößt. Doch Count Dooku hat einen neuen mächtigen Gegner nach Muunilinst geschickt: Durge. Der boshafte Kopfgeldjäger führt eine Gruppe von Söldner ins Herz der republikanischen Streitkräfte. Der republikanische Armee sieht sich nun mit einer Herausforderung gegen diesen zähen Bösewicht und seinen Soldaten konfrontiert, die größer ist, als je vorgestellt.

Kapitel Fünf: Auf dem Wasserplaneten Mon Calamari führt Jedi Kit Fisto einen Angriff gegen Streitkräfte der Separatisten. Er befehligt für die Unterwasser-Offensive gegen eine stark bewaffnete Unterwasser-Droidenarmee eine Truppe von amphibischen Klontrupplern.

Kapitel Sechs: Count Dooku sucht nach einem neuen Verbündeten, der genug Macht hat um die Jedi zu besiegen. Auf dem Planeten Rattatak entdeckt er einen geheimnisvollen Kämpfer, der jedem Gegner im Kampfring gewachsen ist. Sie stellt sich ihm selbst als Asajj Ventress, einer Sith Kriegerin vor.

Kapitel Sieben: Nachdem er ihren Anspruch sich selbst eine Sith zu nennen anprangert, fordert Dooku Asajj zu einem Kampf heraus und besiegt sie. Er ist von ihren Fähigkeiten allerdings so beeindruckt, daß er ihr einen wichtigen Auftrag gibt – Anakin Skywalker zu töten.

Kapitel Acht: Zurück auf Muunilinst: Obi-Wan führt ein Team von Lanzen-Trupplern an, spezialisierte Klontruppler auf Speederbikes. Durge und seine Söldner stellen sich als eine riesen Herausforderung für Obi-Wan und seine Armee heraus. Währenddessen dringen die ARC Truppler in das gegnerische Kommandozentrum auf einem anderen Teil des Planeten ein.

Kapitel Neun: Obi-Wan Kenobi fährt mit seinem Angriff auf das Kommandozentrum der Separatisten auf Muunilinst fort. Der Jedi-General und seine Klonarmee führen die Schlacht direkt zu San Hill und der Droidenarmee der Separatisten.

Kapitel Zehn: Anakin Skywalker führt die Klonarmee in eine fanatische Weltraumschlacht, als ihn ein mysteriöses Schiff angreift. Als der Pilot, die geheimnisvolle Dunkle Jedi Asajj Ventress, in den Hyperraum springt, folgt ihr der ungestüme junge Jedi, und ignoriert somit Obi-Wans Befehle.